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インターウニ・ゼミナールを運営しているのはインターウニ実行委員会です。インターウニ固定メンバーによる実行委員会が毎回のゼミナールごとに担当教員を招待し、モティベーションの高い参加者のために全員がボランティアで授業や運営の仕事をしています。責任者は現在、相澤啓一（獨協大学特任教授、筑波大学名誉教授、ケルン日本文化会館前館長（2019-23））が務めています。